根據化學成分殺菌滅藻劑可以分為氧化性殺菌滅藻劑和非氧化性殺菌滅藻劑兩大類。
    ①氧化性殺菌滅藻劑  此類藥劑通常是一種強氧化劑，對水中微生物的殺菌作用強烈。氧化性殺菌劑對水中其他還原物質起氧化作用，故當水中存在有機物、硫化氫及亞鐵離子時，會消耗一部分殺菌劑，降低它們的殺菌效果。循環冷卻水常用的氧化性殺菌劑有含氯化合物、過氧化物、含溴化物等具有氧化性質的化合物。它們普遍具有殺菌滅藻速度快、殺菌效果的廣譜性、處理費用較低、對環境污染相對影響較小、微生物不易產生抗藥性等特點，不足之處在于受水中的有機物和具有還原性物質的影響較大，藥效時間短，受水中pH值影響較大，分散滲透和剝離效果差等。如氯化物類、氧化物類、含氧酸類、金屬化合物類等。
    ②非氧化性殺菌滅藻劑  非氧化殺菌劑不是以氧化作用殺死微生物，而是以毒性作用于微生物的特殊部位，因而非氧化性殺菌滅藻劑不受水中還原物質的影響。非氧化性殺菌滅藻劑通常是季銨鹽、氯酚類的非氧化性化合物、二硫氰基甲烷、過氧乙酸、異噻唑啉酮、戊二醛和季銨鹽等有機殺生劑。它們的殺菌滅藻劑作用有一定的持久性，對沉積物或黏泥有滲透、剝離作用，受硫化氫、氨等還原物質的影響較小（少數殺菌劑受pH值影響），但是處理費用相對氧化性殺菌劑較高，容易引起環境污染，微生物易產生抗藥性等缺點。如氯酚類、季銨鹽類、大蒜素類、氯胺類、異噻唑啉酮等。